由于豆芽制发具有一定的生物生长特性，同时又具有农产品加工特性，人们对豆芽的属性在认识上有较大分歧。豆芽是食品还是食用农产品，是争议的焦点。
从立法上看，2009、2015版《食品安全法》规定：食品，指各种供人食用或者饮用的成品和原料以及按照传统既是食品又是中药材的物品，但是不包括以治疗为目的的物品。为了使《食品安全法》与《农产品质量安全法》更好衔接，两版《食品安全法》总则也都明确“供食用的源于农业的初级产品（以下称食用农产品）的质量安全管理，遵守《中华人民共和国农产品质量安全法》的规定”。
但2006年11月施行的《农产品质量安全法》并未有“食用农产品”定义，只规定“农产品，是指来源于农业的初级产品，即在农业活动中获得的植物、动物、微生物及其产品。”两法内容模糊，定义不明且笼统，也未就“食品”与“食用农产品”是并列关系还是包含关系进行明确，造成两法在衔接上并不畅通。
尽管在2014年10月农业部、食药监总局联合下发的《关于加强食用农产品质量安全监督管理工作的意见》（农质发〔2014〕14号）和2016年3月食药监总局实施的《食用农产品市场销售质量安全监督管理办法》(总局20号令)中都对食用农产品进行了进一步定义和解释：“食用农产品，指在农业活动中获得的供人食用的植物、动物、微生物及其产品。
农业活动，指传统的种植、养殖、采摘、捕捞等农业活动，以及设施农业、生物工程等现代农业活动。植物、动物、微生物及其产品，指在农业活动中直接获得的，以及经过分拣、去皮、剥壳、干燥、粉碎、清洗、切割、冷冻、打蜡、分级、包装等加工，但未改变其基本自然性状和化学性质的产品”。但并未突破《农产品质量安全法》关于农产品的定义框架。
从食品安全国家标准上看，卫计委发布的《食品添加剂使用标准》(GB2760-2014)认定豆芽为“新鲜蔬菜”，不属于“加工蔬菜”；卫计委和农业部发布的《食品中农药最大残留限量》（GB 2763-2014）认定豆芽为“芽菜类蔬菜”。
综上可见，尽管我国一再强调从农田到餐桌的监管，重视两法的补充和衔接作用，但2015版《食品安全法》与2006年颁布实施的《农产品质量安全法》在诸多内容上并不同步，《农产品质量安全法》表现出一定的滞后性。具有强制性的国家食品安全标准也因法律层面的不规范，执行力度大打折扣。立法不清、衔接不畅是造成豆芽属性难以确定的主要原因。
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